物理ノート

サイエンス社「数理科学」SGCライブラリの読書メモ

バイオインフォマティクスの基礎

生物物理

SGCライブラリ - 41

バイオインフォマティクスの基礎

ゲノム解析プログラミングを中心に

冨田勝　監修

斎藤輪太郎　著

2005年7月25日　初版発行

シグナル配列の統計解析

転写：DNA 上にコードされている遺伝子を含む情報が mRNA という分子に写し取られる。
翻訳：mRNA の情報をもとにタンパク質が合成される。
シグナル配列：生化学反応を指定するゲノム上の配列パターン

エントロピー：塩基の均等使用からの偏りを測る指標

$H = -\sum_{i = \mathrm{a},\mathrm{c},\mathrm{g},\mathrm{t}}P_i\log_2P_i$

${P_i}$ ：ある位置における塩基 ${i}$ の頻度
${\sum_{i = \mathrm{a},\mathrm{c},\mathrm{g},\mathrm{t}}P_i = 1}$
${0 \le P_i \le 1}$

アライメントアルゴリズム

隠れマルコフモデル

RNA の二次構造予測

遺伝子発現データのクラスタリング

コドンバイアスの解析