物理ノート

サイエンス社「数理科学」SGCライブラリの読書メモ

ゲノム進化を考える

生物物理

SGCライブラリ - 53

ゲノム進化を考える

系統樹の数理から脳神経系の進化まで

斎藤成也　著

2007年1月25日　初版発行

系統樹とは

系統樹の節：

外部節：端点となる節で、そこから１本の線だけがつながっている。
内部節：２本以上の線がつながっている節。

外部節の枝分かれパターンのことを樹形と呼ぶ。

${n}$ 個の外部節に対して存在する樹形の数：

有根系統樹： ${(2n - 3)!/2^{n-2}(n - 2)!}$
無根系統樹： ${(2n - 5)!/2^{n-3}(n - 3)!}$

系統樹をめぐって

近隣結合法をはじめとする距離行列法

形質状態データから系統樹を作成する方法

系統ネットワークを用いた配列間関係の表現

ゲノムとは

ゲノム解析の諸法

ゲノムの進化学的解析

中立進化するゲノム

塩基配列以外のゲノム進化解析

ポストゲノム時代の進化解析

神経系の基礎反応に関与する遺伝子群の進化

神経中枢としての脳の進化

進化の産物としての意識の階層構造